SCR-reaktori on kiinteäkerrosmuotoinen ja katalyytti sijoitetaan moduuliin. Katalyyttikerrosten lukumäärä reaktorissa riippuu vaaditusta katalyytin reaktiopinta-alasta.
Tyypillinen layout on järjestää kaksi tai kolme katalyyttikerrosta. Yläkatalysaattorikerroksen yläpuolella on katalyyttitön tasasuuntauskerros, jolla varmistetaan savukaasujen tasainen jakautuminen saapuessaan katalyyttikerrokseen. Yleensä kolmannen katalyyttikerroksen alla on vapaata tilaa neljännen katalyyttikerroksen lisäämiseksi, kun katalyytin aktiivisuus laskee. Reaktorin katalyyttikerrosten väliin asetetaan noenpuhalluslaite, jonka noenpuhallus- ja lakaisuaika on 30-120 minuuttia, 1-2 kertaa viikossa.
Tarvittaessa reaktorin sisällä on suoritettava säännöllinen puhdistus. Reaktorin alla on tuhkasuppilo, joka on liitetty voimalaitoksen tuhkanpoistojärjestelmään säännöllistä tuhkanpoistoa varten.
